Was tot 1798 een hoge heerlijkheid. Het dorp behoorde tussen 1811 en 1817 bij de gemeente Ochten. Van 1818 tot 1923 was het een zelfstandige gemeente en daarna behoorde het bij de gemeente Echteld in de Neder-Betuwe. Per 1 januari 2002 werd IJzendoorn evenals Echteld samengevoegd met de gemeenten Kesteren en Dodewaard. De nieuwe gemeente kreeg de werknaam "gemeente Kesteren". Deze naam werd per 1 april 2003 veranderd in "gemeente Neder-Betuwe".

De oudste vermelding dateert uit de periode 850-865 in een afschrift van een oorkonde, dat in de 12e eeuw werd vervaardigd. De herkomst van de naam is vooralsnog onduidelijk. Een adelijk geslacht Van Isendoern en de vele variaties daarop komt voor vanaf de 14e eeuw.