Tijdens het Ancien Régime was Zoelen een zogenaamd panderambt, dat deel uitmaakte van het Ambt Neder-Betuwe. Behalve het kerspel, sinds 1506 tevens heerlijkheid, Zoelen behoorde ook Avezaath tot dit panderambt. Van 1811 tot 1977 was het een zelfstandige gemeente, waartoe ook Kapel- en Kerk-Avezaath behoorden en tussen 1811 en 1817 ook Drumpt, Passewaaij en Wadenoijen. Sinds 1978 behoort Zoelen tot de gemeente Buren.

Sporen van bewoning zijn in Zoelen aangetroffen uit de 2e eeuw na Christus en verder sinds de Karolingische tijd. De oudste vermelding als woonplaats wordt gevonden in een op het eind van de 14e eeuw opgemaakte copie van een oorkonde uit 1139. Een eerdere vermelding uit 1046 is waarschijnlijk een oude vervalsing.
De naam is afgeleid van een allang verdwenen riviertje "De Zoel". De oudste vermelding van de naam van dit riviertje wordt gevonden in een 13e eeuwse kopie van een oorkonde uit het jaar 788-789 van het klooster te Echternach in Luxemburg: "..in pago Batuense super fluvio Solina".
De dagelijkse heerlijkheid Zoelen met de Aldenhaag werd door een gelijknamig geslacht bestuurd.

Ten westen van het dorp ligt het kasteel, genaamd Huis Soelen. Het bestaan van een huis aldaar in de 12e eeuw is bekend.